Erwärme eine Pfanne und gib einen Esslöffel Butter hinein. Entnimm die Spätzle aus der Packung und gib sie in die Pfanne. Brate sie an, bis sie etwas knusprig sind. Nimm sie heraus und stelle sie beiseite.
Gib nun die Milch oder Sahne sowie den Weißwein unter Rühren hinzu. Lasse alles kurz aufkochen, bis die Sauce etwas andickt.
Nun kommen die geriebenen Käsesorten hinzu. Rühre sie unter gut unter, bis sie geschmolzen sind. Schmecke die Soße mit Muskat, Salz und Pfeffer ab.
Die Spätzle in die Käsesauce geben und gut vermengen. Lasse die Spätzlepfanne etwas einkochen. Alternativ kannst du auch alles in eine Auflaufform geben und im Backofen bei 180° C für etwa 20 Minuten zu überbacken.
In der Zwischenzeit einer anderen Pfanne den Rest der Butter oder Butterschmalz erhitzen. Schneide die Zwiebel in feine Ringe und zerteile diese längs, damit sie nicht zu lang bleiben. Gib nun die Zwiebeln in die zweite Pfanne und brate sie darin auf kleiner Flamme mit Geduld. Sie sollen krosse Röstzwiebeln werden. Wenn du das magst, karamellisiere sie mit etwas Zucker an, bevor sie zu kross werden.
Die Käsespätzle auf den Tellern anrichten, die Röstzwiebeln samt Butter darüber geben und mit Petersilie bestreuen.